В течение 15 — первой половины 16 веков эта территория опять начала заселяться крестьянами и казаками из Левобережной и Правобережной Украины. Основную массу переселенцев составляли казаки, крестьяне, духовенство, которые убегали от польской шляхты. Поселения, которые учреждались украинскими переселенцами, назывались слободами (отсюда название «Слободская Украина»). В 1638 г. в Чугуеве поселилось около 1 тыс. участников национально-освободительного восстания во главе с гетманом Яковом Острянином. Массовый исход днепровских казаков на Слобожанщину начался в период освободительного восстания против Польши, поднятого гетманом Богданом Хмельницким. В 1651 г. казаки из Корсуня основали Краснокутск. В 1652 переселенцы из Черниговского и Нежинского полков во главе с полковником Иваном Дзинковским (И.Зиньковский) основали Острогожск и создали первый и самый большой на Слобожанской Украине Острогожский (Рибинский) полк. В этом же году переселенцы из городка Ставище Белоцерковского полка во главе с Герасимом Киндратовичем (Г.Кондратьев), основав Сумы, создали Сумской полк. В 1654 переселенца из Правобережной и Левобережной Украины, основав Ахтырку, сформировали Ахтырский полк и, основав Харьков, начали формировать Харьковский полк; в том же году строятся Змиёв, Печенеги, Хорошево; в 1659 г. — осадчим Иваном Семененком основан Салтов; в 60-х годах Яков Черниговец основывает Балаклея; в 1674 г. запорожец Мартын Старочудный строит Волчанск. На базе Балаклейского и части Харьковского полков в 1685 г. создан Изюмский полк.
Харьковская крепость в 18 векеВ средине 16 в. территория Слобожанщины попала под влияние Московского царства. Используя украинских переселенцев для экономического освоения края и охраны южных границ царства от крымских и ногайских татар, московское правительство освободило их от уплаты налогов, позволяло свободно заниматься промыслами, курить и продавать водку. Переселенцы безвозмездно владели определенным количеством свободной земли (право заимки), за ними сохранялись казацкие привилегии и самоуправление.