Это требования Воздушно Кодекса. Кодекс, это Закон. Если бы были какие то исключения, там было бы написано, примерно, следующее: "...отдавать распоряжения любому находящемуся на борту воздушного судна лицу, за исключением Президента Российской Федерации и лидера ЛДПР", ну или в другом варианте...
Если Президент считает себя более компетентным в вопросах безопасности полетов, чем командир воздушного судна, то, на Закон можно и положить... Хотя, у командира, в первую очередь, если он психически здоровый, должен срабатывать инстинкт самосохранения, а не желание выслужиться. В случае опасности, когда высокопоставленный пассажир требует маразматических действий, умный командир предложит ему сесть за штурвал и рулить куда тот захочет.