Вот, вроде бы, пока в общем -- всё ок. Как в детали -- плаваете. 
Как раз детали и подлежат обсуждению.
Защищённость - с патчами в винде вроде напряг,
А по-моему, совсем не напряг. Выпускаются, автоматом качаются и ставятся.
Во-первых, время от обнаружения уязвимости до её устранения. Во-вторых, насколько хорошо их обнаружывают.
Кстати, хочется вспомнить, как Microsoft отжог, выпустив патч на патч.
а также см. сюда Why Windows is less secure than Linux.
Кстати, это может объяснить, почему висту так долго разрабатывали.
Минимум вмешательства со стороны админа - есть такое в никсах, что любое действие можна настроить на исполнение в любое время, на любые события, в винде вроде напряг.
Учим команду AT.
См. ниже.
Средства интеграции: от банального перенаправления ввода-вывода -- до COM (WMI, WSH, automation), до .NET (PowerShell из которого доступно вообще всё).
Преимущество unix way заключается не в том, что есть какие-то средства интеграции, а в том, что всё именно на эти средства интеграции опирается. Таким образом, можно легко изменить поведение приложения или написать своё, при этом достаточно знать лишь основы Bourne script. Также прозрачен принцип работы системы.
Результат - админ постоянно должен контролировать состояние системы и следить за найдеными багами, закрывая небезопасную функциональность в ожидании исправления.
В общем, этим занимается любой админ, который дорожит своим местом работы.
1. Один админ может обслужить меньше компьютеров; 2. Если учесть, что патча можно ждать довольно долго, а сервер будет работать не на полной функциональности...
Как в windows с логами? Неважно. Очень весело ошибки искать.
Забыл про такую ключевую вещь, как лицензия. Она позволяет изменять систему как угодно. Кроме того, вы можете быть уверенны, что в вашей системе нет "левого" кода (если не сами, так другие проверят).